"Proceso de alinear dos o más secuencias para conseguir los niveles máximos de identidad (y conservación, en el caso de secuencias de aminoácidos) con el propósito de evaluar el grado de similaridad y la posibilidad de homología". NCBI

Artículos y tutoriales básicos:

1. The Multiple Sequence Alignment Problem in Biology . SIAM Journal of Applied Mathematics, Vol.48, No. 5, Octuber 1988, pp. 1073-1082. Humberto Carrillo Calvet y D. Lipman .
2. A Gentle Guide to Multiple Alignment . Nikos Drakos , Computer Based Learning Unit, University of Leeds.
3. Notes on a Multiple alignment cost-bound of Carrillo-Lipman . John Kececioglu .
4. Multiple Sequence Alignment , Algorithms for Molecular Biology . Ron Shamir .
5. Multiple Sequence Alignment: A Brief Introduction . Anoop Sarkar .
6. Allineamento multiplo di sequenze . Nicola Vitacolonna .

Software:

1. CLUSTALW - ( GenomeNET )
2. CLUSTALW - European Bioinformatics Institute .
3. BLAST , NCBI .